Nacido y criado en el área solitaria y aislada de Siwa, Bayek es el último representante de los Medjay, una larga y antigua sucesión de Protectores del país. Gracias a su entrenamiento, es un guardián de las tradiciones y creencias del Antiguo Egipto. Tiene el poder de aplicar la justicia en su misión de proteger a los necesitados.

Una tragedia personal lo obliga a salir de su casa para cazar y matar a cada uno de sus enemigos. Durante su búsqueda se cruzará con poderosas figuras históricas como Cleopatra, Ptolomeo XIII o Julio César, que están comprometidos en una guerra épica por el poder. Su viaje conducirá a la creación de la Hermandad de los Assassins.